Awal mula sebelum terbentuknya CU Mera Ndi Ate, ada sebuah Kelompok Study Tabung ( KST ) di Tila yang dibentuk oleh Tim BK3D Sumba dengan nama KST Maliti Lalo yang diketuai oleh Petrus Malo Kadu. KST Maliti Lalo sudah macet, anggota sudah tidak menabung lagi. Maka ketua Pengurus bersama dengan Pak Yohanes Ngongo ( Guru Agama Katolik ) Stasi Mareda Wuni, Pak Markus Bulu Dangga dan Pak Antonius K. Bili bersepakat untuk mengadakan Rapat bersama Anggota dengan maksud untuk mengaktifkan kembali KST tersebut, namun beberapa kali menentukan waktu Pertemuan anggota tidak ada yang hadir. Maka Pak Yohanes Ngongo yang juga telah menjadi anggota CU Ande Ate mengajak Pak Antonius K. Bili, Petrus Malo Kadu dan Markus Bulu Dangga untuk mendirikan CU di stasi Mareda Wuni. Mulai awal Maret 1996 Mereka melaksanakan pertemuan di Gereja Katolik Stasi Mareda Wuni. Hingga pada tanggal 17 Maret 1996 bertempat di Gereja Katolik Stasi Mareda Wuni 50 orang bersepakat mendirikan Credit Union tapi masih berbentuk  KST (Kelompok Study Tabung). Nama Mera Ndi Ate dipilih sebagai nama KST yang baru didirikan. Nama Mera Ndi Ate dicetuskan oleh salah satu pendiri yaitu Bapak Egidius Bulu Bani. Mera Ndi Ate berasal dari bahasa daerah Wewewa yang artinya Menyamakan Hati atau Satukan Hati. Pada hari itu juga peserta Rapat pendirian KST Mera Ndi Ate menetapkan Pengurus dan Pengawas serta nilai nominal simpanan awal menjadi anggota. Sebagai Ketua Pengurus Bapak Yohanes Ngongo dan sebagai Ketua Pengawas Bapak Andreas Ng. B. Ole serta simpanan Awal menjadi anggota ditetapkan sebesar Rp 13.500 Juga ditetapkan wilayah stasi Mareda Wuni sebagai Wilayah kerja KST Mera Ndi Ate.

       Mulai saat itu KST Mera Ndi Ate Mulai beroperasi dengan pengelolaan yang masih sangat terbatas. Sangat sulit mengajak umat untuk menjadi anggota. Pelayanan dilakukan oleh Pengurus sekali setiap bulan pada hari minggu setelah ibadat atau Misa. Pada Maret 1997 dilaksanakan RAT KST Mera Ndi Ate yang pertama. Setelah RAT, Tim dari BK3D Sumba Melakukan Audit di KST Mera Ndi Ate. Dari hasil Audit itu KST Mera Ndi Ate dinyatakan berhasil. Maka mulai saat itu KST Mera Ndi Ate berubah menjadi CU Mera Ndi Ate di bawah naungan BK3D Sumba.

Selama Periode Maret 1996/Maret 1997 anggota yang bertambah hanya 3 orang, maka pengurus meningkatkan wilayah kerja meliputi wilayah kabupaten Sumba Barat. Mulai saat itu anggota mulai bertambah terus. April 2010 Pengurus mengangkat staf untuk melaksanakan pelayanan setiap hari kerja. Desember 2010 CU Mera Ndi Ate Mendapat Legalitas dari Pemerintah Kabupaten Sumba Barat Daya dengan Badan Hukum No. 05/BH/XXIX.17/XII/2010.

Tahun 2012 Pelayanan mulai dilakukan di kantor baru CU Mera Ndi Ate yang beralamat di Jln. Lintas Propinsi Desa Wee Patando Kecamatan Wewewa Tengah Kabupaten Sumba Barat Daya Propvinsi Nusa Tenggara Timur. Hingga saat ini KSP CU Mera Ndi Ate semakin berkembang baik jumlah anggota maupun jumlah Aset.